Στην είσοδο του φαραγγιού του Αγίου Φανουρίου βρίσκεται ο ομώνυμος ναός, κτισμένος στις όχθες του ποταμού Απόλλωνα μέσα στην πυκνή βλάστηση και κάτω από μια εντυπωσιακή κλίση του βράχου που υψώνεται απότομα πάνω από την εκκλησία.
Παλαιός σπηλαιώδης ναός που ανακαινίστηκε πριν από το 1940. Βρίσκεται σε μια απόμερη περιοχή, στις όχθες του ποταμού Απόλλωνα, ανάμεσα στη Μονή Παλιανής και τη Μονή Αγίας Θεοτόκου.
Πολύ κοντά στο ναό υπάρχει πηγή με αρκετό νερό που σήμερα χρησιμοποιείται για την ύδρευση του χωριού Βενεράτο. Η τελευταία ανακαίνιση αποστέρησε το ναό από την παλιά γραφικότητα του, τότε που η οροφή ακουμπούσε στην κοιλότητα του βράχου.
Η αρχαιότερη μαρτυρία για την περιοχή του Αγίου Φανουρίου, προέρχεται από τουρκικό έγγραφο του 1673, λίγα μόλις χρόνια μετά την ολοκλήρωση της κατάληψης της Κρήτης. Τότε λειτουργούσαν υδρόμυλοι στην περιοχή αυτή και οι ιδιοκτήτες δυό μύλων διεκδικούσαν το νερό του ποταμού. Τελικά συμφώνησαν να διοχετεύονται εκ περιτροπής τα νερά και του ποταμού και της κρήνης του Αγ. Φανουρίου και στους δύο μύλους (Ή. Σταυρινίδη, Μεταφράσεις τουρκικών ιστορικών εγγράφων, τόμος Β’ σελ. 148-149).
Οι καλόγριες της Παλιανής πιστεύουν ότι υπήρχε εκεί παλαιό ασκητήριο· πήγαιναν μάλιστα, παλαιότερα, συχνά για να θυμιάσουν το χώρο του ασκητή. Πάνω από την κρήνη υπήρχαν δύο δωμάτια και ένα μικρό πέτρινο κρεβάτι και με ωραίο κόκκινο ασβεστοκονίαμα. Τα κτήρια αυτά δεν υπάρχουν σήμερα. Όσο για το πρόσωπο του ερημίτη, η παράδοση θέλει ως ασκητή του ποταμού Απόλλωνα τον ίδιο τον Άγιο Φανούριο!
(Την παράδοση διηγήθηκε η Ηγουμένη της Μονής Παλιανής Θεοπίστη Σφακιανάκη) Και έχει πολύ μεγάλο ενδιαφέρον, ειδικά για τη λατρεία του Αγ. Φανουρίου στην Κρήτη, αυτή η παράδοση. Ένας στρατιωτικός Άγιος, που λατρεύεται για αιώνες τώρα στην Κρήτη, εμφανίζεται από την παράδοση ως ασκητής κοντά στη Μονή Παλιανής!
Η κρήνη της πηγής Αγ. Φανουρίου φωτογραφήθηκε από τον Ιταλό αρχαιολόγο Ο. G. Gerora, ο οποίος και διάβασε τη χρονολογία 1497 σ’ αυτήν.
ΑΛΛΟΙ ΝΑΟΙ. Έξω από το μοναστήρι έχουν χτιστεί τα τελευταία χρόνια οι ναοί των Αγίων Πάντων, του Μιχαήλ Αρχαγγέλου και του Αγίου Νεκταρίου.
ΠΕΡΙΟΥΣΙΑ. Στο κτηματολόγιο του 1918-19 αναφέρονται αρκετά περιουσιακά στοιχεία τα οποία είχαν συγκεντρωθεί κατά τα τελευταία χρόνια του 19ου και τις αρχές του 20ου αιώνα από αφιερώματα πιστών. Η ποικιλία των δέντρων (καρποφόρων) αντικατοπτρίζει τη μοναχική ζωή σε ένα ιδιόρυθμο μοναστήρι καλογραιών, κατά τις αρχές του 20ου αιώνα. Η κάθε μοναχή είχε και το δικό της μικρό περιβόλι και το εύφορο έδαφος προσφερόταν γι’ αυτό.
Η κυριώτερη πηγή εισοδήματος προερχόταν από την ελαιοκαλλιέργεια. Η μονή είχε το 1918-19 περίπου 1000 ελαιόδεντρα.
