Το Τζαμί βρίσκεται στη συνοικία Mασταμπά, στη συμβολή των οδών Κων. Σάθα και Μαρκέλλου. , παρουσιάζει μεγάλο αρχιτεκτονικό ενδιαφέρον (περίτεχνη θύρα εισόδου, εννέα τρούλοι, δεκατρία συνεχόμενα κελιά, ηγουμενείο, μιναρές με κυκλικό εξώστη και στέγη σε σχήμα κόλουρης πυραμίδας).
Το Τέμενος Μασταμπά, με την ιδιάζουσα αρχιτεκτονική των 9 τρούλων, τα 13 συνεχόμενα κελιά, το «Ηγουμενείο» και τον περιβάλλοντα χώρο του αποτελεί αυτό καθ’ αυτό μνημείο της πόλης του Ρεθύμνου.Το τέμενος, οικοδομήθηκε περί τα μέσα του 17ου αι. Σύμφωνα με μια άποψη το όνομα Βελί Πασά, οφείλεται στον Βελί, κεχαγιά του Ντελί Χουσεΐν Πασά, και οικοδομήθηκε πάνω στα ερείπια του καθολικού ναού του Αγίου Ουνουφρίου.
Η παλαιότερη αναφορά του τζαμιού βρίσκεται σε καταχώρηση του έτους 1657 στο κατάστιχο του καδή του Ρεθύμνου.
Το Τζαμί βρισκόταν μέσα στο μουσουλμανικό νεκροταφείο , μπροστά στην Πύλη του Τεκέ.
Σύμφωνα με επιγραφή στη βορειοδυτική πλευρά του, χρονολογείται στο έτος Εγίρας 1204 (1789-90), γεγονός που τον καθιστά τον παλαιότερο σωζόμενο μιναρέ του Ρεθύμνου. Η επιγραφή αναφέρει τα εξής: ” Να μη βασκαθεί! Δόξα και ευγνωμοσύνη στον Κύριο…κάναμε δωρεά ανακαινίσαμε το μιναρέ για να ακούγεται το εζάνι και για την ελεημοσύνη του Θεού”
Το Τζαμί Μασταμπά, είχε υποστεί σοβαρές φθορές, κυρίως με τους βομβαρδισμούς του 1941
Έχει παραχωρηθεί στο Μ.Γ.Φ.Ι. με απόφαση του Υπουργείου Πολιτισμού. Μετά την ολοκλήρωση της αναστήλωσης και την εκτέλεση της σχετικής μουσειολογικής μελέτης λειτουργεί ως Παλαιοντολογικό Μουσείο, παράρτημα του Μ.Γ.Φ.Ι. (Παράρτημα Μουσείου Γουλανδρή) στην Κρήτη και άνοιξε για το ευρύ κοινό στης 10 Ιουλίου 2008.
Στη δεκαετία του ’70 ο Αγγελος και η Νίκη Γουλανδρή, επικεφαλής του Μουσείου Φυσικής Ιστορίας, που λειτουργεί ως κέντρο έρευνας, μελέτης και προώθησης της γνώσης του φυσικού περιβάλλοντος, κατά καλή συγκυρία είχαν βρεθεί με φίλους Ρεθυμνιώτες εκείνη την εποχή στην Κρήτη.
Το Τέμενος, αν και ερειπωμένο, έφερε στοιχεία ιστορικά και αρχιτεκτονικά που ενέπνευσαν τον Αγγελο Γουλανδρή για τη δημιουργία ενός νέου πολιτιστικού κέντρου σε σχέση με το βοτανικό, γεωλογικό και παλαιοντολογικό πλούτο της Κρήτης. Ο χώρος, περίπου 10 στρέμματα, παραχωρήθηκε από το κράτος στο Μουσείο Γουλανδρή.
Επιμέλεια: Βασιλική Παπουτσάκη
