Η πόλη όμως γνώρισε μεγάλη ακμή κυρίως κατά την ελληνιστική – ρωμα&κή & Πρωτοβυζαντινή περίοδο. Απετέλεσε ένα από τα σημαντικότερα και ασφαλέστερα λιμάνια στα Βόρεια παράλια της Κρήτης με δύο φυσικούς κολπίσκους να αγκαλιάζουν το ακρωτήριο Καστρί και να παρέχουν ασφαλές αγκυροβόλι στα πλοία ανάλογα με τις καιρικές συνθήκες. Ήταν αρχικά το επίνειο της Λύττου, (κατά τον Όμηρο Λύκτος) μιας σημαντικότατης πόλης των ιστορικών χρόνων της Κρήτης που βρίσκεται σε απόσταση 15 χιλ. στο εσωτερικό του Ν. Ηρακλείου δίπλα στο σύγχρονο χωριό Ξιδάς
Η ιστορία της Χερσονήσου ξεκινά στη Μινωική Κρήτη, όπου στην ίδια θέση με τη σημερινή υπήρχε η πόλη Χερρόνησος ή Χερσόνησος. Έχουν βρεθεί κεραμικά και ίχνη κατοίκησης τόσο μέσα στη Χερσόνησο στο μικρό λόφο Καστρί στο λιμάνι της πόλης, όσο και γύρω από τη Χερσόνησο
Η προνομιακή γεωγραφική θέση της Χερσονήσου την έκανε ένα από τα σημαντικότερα λιμάνια του νησιού. Ο Onorio Belli (ιταλός γιατρός- βοτανολόγος) περιγράφει το 1586 το λιμάνι της Χερσονήσου «ικανό να χωρέσει τριάντα γαλέρες».
Τα περισσότερα από τα ευρήματα της περιόδου αφορούν σε λιμενικές εγκαταστάσεις. Ακόμα και σήμερα είναι ορατά τα ερείπια των μόλων στο λιμάνι καθώς και των αγκυροβολίων και των αποβάθρων.
.
