Ήδη από τα μέσα της ταραγμένης δεκαετίας του 1890, πολλοί μουσουλμάνοι εγκαταλείπουν τα χωριά τους στην ενδοχώρα και μεταναστεύουν στις πόλεις, φοβούμενοι τις νέες επαναστατικές κινήσεις των χριστιανών. Στη διάρκεια της επανάστασης του 1897-98 το κύμα φυγής διογκώνεται, ενώ παράλληλα οι χριστιανοί επαναστάτες προβαίνουν σε συστηματικές καταστροφές των μουσουλμανικών περιουσιών στην ύπαιθρο, προκειμένου να αποτρέψουν την επιστροφή των ιδιοκτητών τους.

Μέρος τελετής Δερβίσιδων (No 1747, Ηράκλειο, Ιστορικό Μουσείο Κρήτης, © Ε.Κ.Ι.Μ.)
Η παραχώρηση αυτονομίας και η εγκαθίδρυση του νέου καθεστώτος προκαλούν αίσθημα απελπισίας στο μουσουλμανικό στοιχείο.

Ο Καδής (ιεροδίκης) του Ηρακλείου Χουσεΐν Μπαμπά Ψυχοπαιδάκης (Ηράκλειο, Ιστορικό Μουσείο Κρήτης, © Ε.Κ.Ι.Μ.
Πολλοί απ’ αυτούς αρνούνται, παρά τις διαβεβαιώσεις των Ευρωπαίων και της διοίκησης για την ασφάλειά τους, να επιστρέψουν στα χωριά τους. Για όσους δεν έχουν τις οικονομικές δυνατότητες να εγκατασταθούν στα αστικά κέντρα, όπου αισθάνονται περισσότερο ασφαλείς, μοναδική λύση είναι πια η μετανάστευση σε άλλες περιοχές της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας.

Κηδεία οθωμανού αξιωματούχου στα Χανιά (R. Behaeddin, No 97, Ηράκλειο, Βικελαία Δημοτική Βιβλιοθήκη)
Στα επόμενα χρόνια, και ειδικά την περίοδο 1898-1899, η φυγή τους παίρνει μεγάλες διαστάσεις. Πάνω από 40.000 μουσουλμάνοι υπολογίζεται ότι εγκαταλείπουν αυτήν την περίοδο την Κρήτη και εγκαθίστανται, όχι πάντα χωρίς προβλήματα, στη Μικρά Ασία, ειδικά στην περιοχή της Σμύρνης, στην Κωνσταντινούπολη, τη Συρία, τη Βεγγάζη και αλλού
,

Μετακινούμενοι μουσουλμάνοι από τα χωριά της Κανδάνου. Συνοδεύονται για λόγους ασφαλείας από Βρετανούς ναύτες του συμμαχικού στόλου. Φανταστική απεικόνιση (Illustrated London News)
πηγή: Δήμος Ηρακλείου